L’association antichrétienne La Libre Pensée a obtenu du tribunal administratif de Lyon l'annulation des 500 000 euros de subventions versées par les collectivités locales aux 19es Rencontres pour la paix organisées en septembre 2005 par la communauté de Sant'Egidio. Dans trois arrêts distincts, le tribunal a estimé que les décisions du Conseil général du Rhône d'attribuer 300 000 euros, celle du Grand Lyon portant sur 100 000 euros et celle de la Ville de Lyon attribuant également 100 000 euros à l'évènement ont « été prise en méconnaissance des dispositions (...) de la loi sur la séparation des Eglises et de l'Etat ». Une quatrième délibération, portant sur 100 000 euros accordés par la région Rhône-Alpes, sera examinée ultérieurement.